La date exacte de la fondation d'une communauté religieuse à la Cour-Notre-Dame est inconnue. Seule une charte de l'archevêque de Sens, Gautier Cornu, en 1225, vient autoriser l'installation d'une abbaye de moniale de l'ordre de Cîteaux sur la paroisse de Villius, au lieu-dit La Cour-Notre-Dame. L'année suivante, les abbés de Cercanceaux et de Pontigny se rendent sur place pour s'assurer que les moniales respectent les principes cisterciens d'organisation et de vie quotidienne.
En 1227, l'abbaye est unie à la léproserie de Villius, dont la fondation remonte sans doute à la fin du XIIe s. et a dû justifier l'implantation d'une communauté religieuse.
L'établissement quitte Villius pour s'installer à proximité de l'Oreuse à Michery dès la première moitié du XIIIe s. sans qu'il soit possible d'en connaître avec exactitude ni la date ni les raisons. Son temporel se constitue lentement au gré des donations, tout en semblant se limiter à des biens d'une relative proximité (Montigny-en-Guesdier, Balloy, Montereau, Villius, Trainel, Sens, Michery et Pont-sur-Yonne).
Malgré les mises en garde du pape, qui rappelle dans un bref de 1268 la nécessité pour la communauté de ne pas dépasser 40 membres (en dehors des lépreux et domestiques), l'abbaye connaît dès son implantation à Michery d'importantes difficultés de subsistance, obligeant les religieux à la mendicité.
La guerre de Cent Ans et les destructions qui l'ont accompagnée marquent la fin de l'autonomie de l'abbaye. En 1477, elle est transformée en prieuré uni à l'abbaye de Cîteaux et placée sous le contrôle des abbés de Vauluisant et des Escharlis.
Suite aux importantes destructions perpétrées pendant les périodes de trouble, des réparations aux bâtiments sont entreprises dès 1491. L'église ne peut être reconstruite faute de ressources nécessaires : seul son chœur est conservé pour être transformé en chapelle au début du XVIe s.
Les bâtiments conventuels subsistant ainsi que ce qui constituait encore le temporel, amodié par Cîteaux, sont vendus au titre des biens nationaux en 1793.